Hello, cela vient du fait que tu as des modes de fusion de transparence entre les différentes images (une image par couche + d’ailleurs des masques d’image).
Pour régler le problème, il faut modifier ces modes de fusion de transparence. Hélas, Acrobat ne sait pas le faire.
Par contre, PitStop Pro sait le faire. Evidemment, acheter PitStop Pro juste pour cela n’a pas de sens.
Par contre, PitStop est disponible en version d’évaluation complète 30 jours, tu peux donc le télécharger, faire les modifications et puis zou!
Version d’essai ici : http://www.enfocus.com/en/products/Try?p=PP
Pour te faciliter la tâche, j’ai créé le script de correction (en pièce jointe – à dézipper d’abord car le type .eal n’est pas autorisé sur le forum).
Une fois que PitStop est installé, pour installer le script, voici la procédure (à ne faire que la première fois) :
Tu vas dans les outils dans le panneau de droite et tu sélectionnes la catégorie “Traitement PitStop” (à chercher la première fois dans le menu déroulant en haut à droite du panneau outils).
Dans cette catégorie, tu choisis la 3e icône (listes d’actions)
Dans cette fenêtre, tu choisis la roue en haut à droite et tu choisis l’article de menu Importer/Exporter > Importer…
Là, tu importes le script que j’ai fait.
Ensuite, une fois le script importé, c’est très simple à utiliser:
1/ tu ouvres ton fichier
2/ tu choisis ce fameux script dans la palette “Listes d’actions”
3/ tu cliques “Exécuter”
4/ il n’y a pas de 4 
Et voilà, ton fichier est corrigé, tu n’as plus qu’à l’enregistrer… et passer au suivant !