Transparences et ombres portées sont correctement gérées par le PDF 1.3, no soussaille. 
Le comportement de ce document est normal et prévisible… ??? :
Le noir 100% vient (par défaut) en surimpression, donc les couleurs de l’image s’impriment quand même par-dessous l’encre noire (ou par-dessus, selon l’ordre de passage), ce qui provoque ce phénomème.
Pour l’éviter il faut placer l’objet noir en défonce (dans InDesign), ou bien utiliser un noir enrichi (N100+C40+M40+J50 par ex.) qui atténuera cet effet.
Le comportement d’Acrobat est normal aussi : aucun logiciel actuel ne peut simuler ce genre d’effet (du à l’accumulation des encres) sur un écran.
Je te conseille en effet de créer et d’utiliser un profil d’aplatissement personnalisé car celui fourni par Adobe est un peu “juste” au niveau résolution, par contre je te déconseille de tout pixelliser, ça produit des fichiers énormes.
Une balance à 50% donne de bons résultats, une autre bonne ruse peut-être de vectoriser les polices (et les contours), mais attention à l’engraissement dans les petits corps…
Ne pas oublier dans ce cas que l’aplatissement ne se produit que sur les pages qui contiennent des objets “transparents” (icônes à damier dans la palette des pages). Pour forcer l’aplatissement de toutes les pages il faut mettre un petit objet (invisible) qui utilise la transparence dans un petit coin de la maquette/gabarit/page Maître.
